В соответствии с Федеральной космической программой России формируется государственный заказ на создание и использование космической техники в научных и социально-экономических целях. ОАО «ИСС» является головным исполнителем по ряду важнейших проектов: спутников серии «Экспресс-АМ», «Луч-5А/5Б», «Гонец-М». Предприятие также работает над проектами других космических аппаратов на базе платформ «Экспресс-2000» и «Экспресс-4000».

Федеральная целевая программа «ГЛОНАСС» направлена на дальнейшее развитие и эффективное использование Глобальной навигационной спутниковой системы за счет внедрения передовых технологий спутниковой навигации в интересах социально-экономического развития страны и обеспечения национальной безопасности. ОАО «ИСС» отвечает за космический сегмент системы и является головным предприятием по разработке и созданию навигационных космических аппаратов. В настоящее время на предприятии изготавливаются спутники второго поколения «Глонасс-М» для восполнения орбитальной группировки и ведется активная разработка спутника следующего поколения «Глонасс-К». Этот перспективный аппарат с улучшенными характеристиками будет создаваться для модернизации системы.